Fonksyon gwoup pwoteje yo se izole gwoup fonksyonèl espesifik pandan pwosesis sentèz la, pwoteje yo kont entèferans, epi sèlman retire gwoup pwoteksyon yo apre yo fin ranpli reyaksyon espesifik pou retabli aktivite molekil sib la. Pwosesis la pou retire gwoup pwoteksyon anjeneral mande pou kondisyon modere pou fè pou evite domaje molekil sib la. Pou egzanp, metòd pou retire ROH soti nan alkòl pwoteje se anjeneral yo pwodwi etè (ROR ') oswa ester (ROCOR'), ak Lè sa a, idrolize oswa asidifye yo nan kondisyon apwopriye.
An rezime, wòl nan pwoteje gwoup yo nan sentèz PNA enpòtan anpil, paske li asire sentèz efikas nan molekil konplèks, evite reyaksyon ki pa sib, epi yo ka oaza retire lè sa nesesè pou jwenn pwodwi PNA pirifye.